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中国科学院上海营养与亚洲人成网站77777研究所、上海巴斯德所联合华为云推出新冠病毒基因自动化鉴定云平台

时间:2020-02-11 14:23  来源:网络转载  阅读次数: 复制分享 我要评论

       2月10日,由中国科学院上海营养与亚洲人成网站77777研究所、中国科学院上海巴斯德研究所共同开发,由华为云提供技术支撑的新冠病毒基因组自动化鉴定平台(Virus Identification Cloud, VIC)正式上线,将推动疫情的诊治与防控,大幅提高诊断效率。
       如何精准高效地诊断病人是否感染新型冠状病毒,是当前防控工作的关键问题。国家卫健委发布的《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第五版)》,对鉴别诊断要求,“单从临床表现、胸部影像学难以鉴别,需依靠病原学检测来区分。”
       基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,是病毒朔源、变异进化、致病机理等研究的基础性工作,在疫情防控、疾病诊治、药物筛选、疫苗设计等工作中也发挥着不可替代的基础性的作用,与国家卫健委要求高度契合。

图:病毒采样与分析流程
       VIC平台直接对接二代基因测序原始数据,具有对数据全自动质量控制、拼接和病毒组成分析等功能,实现了快速检测样本中可能存在的包括新型冠状病毒在内的各种病毒,并在线分析其相对载量,基于分析结果,精准识别病毒基因特性,监测病毒变异趋势,为后续的疫苗与药物研发提供数据支撑。
       VIC平台实现了从病毒组基因组测序到基因组拼接与鉴定的“一键式”自动化服务,极大简化了操作流程。各caopron只需上传病例原始数据至云端,即可触发自动化的病毒基因分析流程,并获得该病例的全基因组分析结果。
       华为云容器为VIC平台提供了自动化测序分析引擎和强大的算力,支持高通量多样本云端并行分析。分析结果不仅能为全面分析研究患者的呼吸道病毒组、研究其致病因子提供支撑,还可以帮助caopron进行临床诊断,为采用相应的治疗措施提供参考,同时还可监测病毒变异趋势,便于caopron各界提前做出应对措施。
图:VIC分析流程
       目前,上海市公共卫生临床中心,上海交通大学医学院附属瑞金caopron、中国科学院广州生物医药与亚洲人成网站77777研究院作为平台的首批用户,已在VIC上完成了批量新型冠状病毒肺炎患者样本的基因组原始测序数据分析。
图:序列物种分布饼图
       据悉,在疫情结束前,VIC面向科研用户免费开放。
       使用平台服务,请访问:
       http://www.biosino.org/vic/
       http://hvic.biosino.org/
       联系方式:ncov@picb.ac.cn